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伊頭遺作：機關的調教師兼攝影師，超能力為精神感應，可以感應周圍的超能力、魔術的存在，擁有大范圍全視角的視覺，并可以把看到的景象轉化為錄像。

巴瑟梅羅。蘿蕾：時鐘塔院長輔佐，有魔導公主美譽，極其敵視吸血鬼，被雙子控制。

紫藤浩一：父親是資深議員，目前在床主市私立藤美學園當老師，為機關提供資金的金主之一，同時也在享受機關提供的服務。

言峰綺禮：人稱麻婆神父，沒有感情，只有看到別人的不幸和痛苦才會感到愉悅。圣杯戰爭之后轉到床主市擔任機關的二把手。

木原幻生：科學側的惡黨，與機關是合作關系。

羅伊格爾與札爾：羅伊格爾與札爾（Lloigor*****************達奇：黑礁商會首領，前海軍陸戰隊隊員，戰斗力超強，主要業務為軍火，偶爾也會賣毒品或者販賣人口。

本尼：綽號“貝尼男孩”（BennyBoy），黑礁商會的機械師、電腦專家、司機。

坂東：鷲峰組代理組長，暗中拐賣少女拍攝色情錄像牟利，綁架了佐天淚子和初春飾利，被毒島冴子發現線索，最后鷲峰組被高坂京介、毒島冴子、御坂美琴三人聯手剿滅。

查卡：鷲峰組的小黃毛，鷲峰組被剿滅時逃走。

漢賽爾與葛麗特：羅馬尼亞籍的雙胞胎殺手，以“糖果屋”童話里的兄妹命名，外表看似兩名天真無邪的兄妹（姊弟），但是骨子里是兇殘冷血的殺人魔，他們相信吸血鬼的傳說，認為殺人可以為自己帶來不朽，由于兩人以“哥哥”、“姊姊”相稱，而且常常交換身份，因此難以分辨。

高坂大介：主人公的父親，身為刑警，卻長著一張流氓臉。

須鄉伸之：SOS團旁邊電研社的社長，父親是某電腦公司的老總，富二代，其父后來代理了時鐘塔制造的完全潛行游戲刀劍神域，坑了京介的鄰居桐谷和人和大蘿莉結城明日奈。