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1999年2月中旬，林同書為了對抗蓋亞原生體，開始瞄準另一半邪惡，想要將它得到手，以避免蓋亞原生體對它的覬覦。沖繩因他的到來而陷入戰火，同一時間，從無數資料中嗅到不安氣氛的羅生門首領御宮星野，也出手收拾數十年前的舊恩怨，攻擊F.T日本分部與六道黃泉。

四方混戰，幾乎將整個沖繩摧毀，蓋亞原生體隱藏其中，吞噬進化者恢復力量，御宮星野一舉擒獲F.T日本分部的賀氏里長老，并得到另一半的邪惡原力。

2月18日，追尋原力而來的林同書，落入御宮星野的包圍圈，受重傷，殺死羅生門長老逃離。

2月20日，日本政府響應羅生門的行動，加大對普天間的責難，反映到黑暗世界，便是天國禁區無法再向日本調遣力量。

2月21日，F.T北美分部支援力量在進入那霸時，遭遇羅生門與六道黃泉的合力清洗，這一行動標志著，出云大社分裂的力量開始復合。

3月1日，F.T日本分部徹底毀滅，賀氏里家族滅族，御宮星野于同日向黑暗世界宣布，羅生門與六道黃泉合流，重組出云。

3月7日，修養多日的林同書突襲重組中的出云總部，一場戰斗后，無功而返。

3月9日，一條流言在整個黑暗世界流傳，言御宮星野掌握著一種強大的力量，可以制造五階高手。

3月10日，F.T北美、歐洲分部聯合，進攻出云，混亂中，林同書力壓3位五階高手，搶走北美負責人隨身攜帶的邪惡原力，但本人也被御宮星野重創。

3月15日，從日本經逃亡數天的林同書，遭遇已恢復部分實力的蓋亞原生體偷襲，因傷勢未愈而落入下風，最終丟失邪惡原力

3月17日，重傷的林同書趕回申城，為避免蓋亞原生體借助邪惡原力沖擊惡行之源，主動進入鳳凰的精神世界，冒險為她清除邪惡的感染。

3月22日，鳳凰蘇醒，林同書開始著手構建善惡系統，同一時間，蓋亞原生體利用邪惡原力沖入惡行之源，林同書與鳳凰、寧童舒前去阻止時，寧童舒臨陣背叛，幫助蓋亞原生體以某種難以言明的方式寄生系統。

憤怒的林同書開啟審判模式，將寧童舒擊殺，納入統治的邪惡原力消散，等待在另一個地方再次復蘇。

4月5日，修養好的林同書，在鳳凰的牽線下，與特事局、醒獅聯手，發起毀滅昆侖的行動。

5月10日，昆侖最后一處集合點被轟炸成廢墟，一個貫穿共和國多年的老牌組織，徹底化作歷史的塵埃。

5月11日，特事局、醒獅受林同書邀請，高層匯聚申城，聽取他解釋他的最終目的。次日，兩大組織聯合，在勢力可及范圍內，幫助林同書尋找邪惡原力的代理人。

7月24日，遠處的日本島，出云在支撐了F.T各洲分部聯合力量數月的圍攻后，終于無法承受，向黑暗世界發出求救信息。

8月，天國禁區、阿瓦隆等各大國官方組織參戰，F.T首次暴露靈能科技——一種由精神作為能量構成和基本物質的新型科技，可以人工制造出異能物品，并可控批量制造“類異能者”，這種進化者的力量弱小，而且精神狀態很不穩定，壽命極短，但他們的能力極為詭異，甚至肉體也發生異變。

9月，F.T組織依靠靈能科技占據上風，全球范圍的黑暗世界大戰當中，一直忙著尋找代理人的大陸也無法平靜，戰火蔓延而來。

9月15日，第一波F.T先頭部隊進攻藍島，藍島海軍基地駐扎的醒獅分部毀滅，特事局也在傳出消息后的當夜被摧毀。

9月16日，特事局、醒獅參戰，因為高端力量的缺少，正在世界各地尋找代理人的林同書，不得不返回國內，與鳳凰、白守云共同主持大局，抵抗F.T的入侵。

10月22日，曠日持久的地下戰爭，已經消耗盡了各個國家遮掩的能力，普通人對于越來越頻繁的爆炸、死人、廢墟加深疑惑，當日，美利堅當局迫于壓力，公布了一段進化者戰斗的視頻，引發世界范圍內的軒然大*，同日，各個民主國家相繼曝光視頻，進化者的身份正式浮出水面。

10月30日，經過多天談判，普通人宣布加入進化者戰爭，同一天，林同書開放除惡行之源之外的各個副本，使進化者可以獲得系統貨幣，并開放異能物品的兌換。這兩條消息，成為戰爭的轉折點，F.T優勢盡去。

11月16日，F.T面對多方圍攻，終于獨木難支，開始退縮。