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控制廣州府后，張鵬飛一面鞏固防御，一面開始治理地方。

政治上張鵬飛清除了忠于明廷的官員換上自己的親信，并澄清官吏嚴懲貪污，恢復農業發展工商，鞏固了在廣州府的統治。

軍事上他擴大軍隊，建立起十萬海陸軍，并整合廣州府沿海的船塢，組織工匠雇傭葡人技師打造戰艦。

在發展過程中，張鵬飛感覺西式人才的缺乏，便將主意打到澳門頭上了，西元1643年七月，張鵬飛派出一萬大軍從水陸兩路包圍了澳門，并給葡澳當局下了最后通牒，命其三天之內投降，普澳當局在權衡了雙方的實力以后，明智的掛起了白旗。張鵬飛便下令將澳門境內的葡人華人中有才能者全部量才錄用。

張鵬飛又派兵占領瓊州府，并招募苦力開挖石碌鐵礦，他利用廣州佛山的煉鐵工匠和葡人的一些煉鐵技術在石碌建立了新的鋼鐵基地，又將澳門卜加勞炮廠和萬山炮廠合并，建立了規模和技術在全世界也數得上號的佛山炮廠。

正當張鵬飛全力經營，使廣州府一切欣欣向榮的時候，西元1644年4月25日，也就是明崇禎十七年三月，崇禎帝于煤山自縊殉國，李自成進入北京。

李自成在進入北京后，因為追贓助餉和招安吳三桂等問題上出現一系列錯誤，導致吳三桂引清兵入關，在清軍和吳軍的聯合進攻下農民軍于一片石戰敗，李自成于*退出北京，第二天，多爾袞進入并定都北京。此時福王朱由崧在南京即位是為弘光帝。

張鵬飛趁機向南京明廷上表請降，南京方面正要鞏固統治，便答應招安，任命張鵬飛為廣州總兵，實際控制廣州府。

又過一年，清兵南下，弘光帝被嚇破膽，下詔天下勤王。張鵬飛義無反顧的帶領百艘戰艦和一萬水軍于萬山島誓師，北上勤王。

弘光朝的兵部尚書史可法在揚州抵抗，城破，清軍在揚州屠城十日，史稱“揚州十日”，揚州百姓死難八十余萬，是后世日軍南京大屠殺的三倍！

張鵬飛率軍抵達南京江面時，已是四月中旬，他對揚州發生的事無能為力。入城朝見弘光帝，張鵬飛發現這朱由崧膽子小了些，但也沒有歷史上說的那么不堪。從皇宮出來，張鵬飛便去前往秦淮河見識一番，結識了在此議論國事的復社眾才子和國子監監生鄭森，也就是后來的鄭成功。

當時鄭芝龍之地鄭彩也率鄭氏艦隊兩萬余人布防于南京江面，但鄭彩見江北明軍迅速潰敗，便欲率軍東逃入海。

張鵬飛得到消息，緊急約見鄭森，鄭森得知鄭彩想臨陣脫逃也十分氣氛，于是張鵬飛派海豹隊和鄭森一起前往鄭氏艦隊，突襲并抓住鄭彩，助鄭森奪取鄭氏艦隊的領導權。

此時多鐸率大軍已經抵達江北，張鵬飛和鄭森聯合防御江面，雙方大戰一月有余，清軍不但無法渡江，反而損失慘重。

此時在長江中游的阿濟格聽說多鐸受阻，便派三千精騎從長江南岸晝夜兼程突襲南京，沿途明軍望風而降，清軍于六月抵達南京城下。

弘光君臣見到清軍，還以為長江防線崩潰，舉朝大驚，弘光帝棄城而逃，大臣開城投降，南京失陷，正在江上與清軍對峙的張鵬飛和鄭森見無力回天也只得順江而下逃入海中。