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本書中的新世界，世界觀大體分為神秘側與科學側兩大陣營。

然而兩大陣營并非完全對立的存在——當這個世界中的人類面臨著共同的威脅時，其團結與凝聚會讓所有企圖侵略奴役他們的敵人感到震撼。

新世界ad1999年所發生的一切就是最好的寫照，面對接踵而至的無數滅世危機，神秘側與科學側攜手合作，共同進退，使面臨毀滅的人類煥發了新生。然而，在這來之不易的和平時期，屬于人類內心的黑暗，似乎又開始了不安的涌動......

——神秘側：

“魔法少女議會”：ad1932，由當時最為強大的十三位構成的組織，目的為反抗孵化者以及其制造的魔女。

組織的每一位成員都為在當時某一領域的巔峰之人——某一國的領袖，軍界、政界要人，科學家等等，可以說是集合了人類中的精英。所有成員都已經知曉了魔法少女與魔女的真實，因此決意從孵化者的手中拯救人類。

可惜的是，由于孵化者暗中的挑撥，組織內部出現了背叛者。議會陷入了第二次世界大戰的泥潭之中，曾經的同伴劃分陣營，互相猜忌甚至殺戮使議會分崩離析。等到人們醒悟之時，“議會”僅存的成員為席德拉（希特勒）、席德林（斯大林）、達姿、朱莉、妮娜五人。

然而ad1945，在廣島、長崎與的戰斗中，由于孵化者的操控，身為議會領袖，最為強大的二人——席德拉、席德林在那里相繼隕落，議會隨之完全解體。

——神秘側“三極”：

1.神圣光明同盟（羅馬正教/俄羅斯成教）：神秘側中最為龐大的組織，總部為意大利梵蒂岡。

最初為人類對抗（參考詞條），由教會為主體構成的同盟，有著無數的魔法師戰斗員，甚至圣人坐鎮。而在期間，三教精銳所構成的戰斗組織，其成員才為神秘側真正的巔峰戰力。人類成功擊敗長生種，并迫使其退守西伯利亞的異空間內。

同盟現在明面的最高領導者為羅馬教皇馬太.利斯，事實上教皇本人卻為“神之右席”所掌控。

羅馬正教在世界上擁有20億信徒，在113國擁有教會，是世界最大十字教教派，自稱為最正統的十字教教派。亦是神圣同盟的核心。現在，在神之右席的操控之下，同盟的大部分成員對科學側存有強烈的敵視。不過，教會中也有著想要借助科學力量的革新派存在。

俄羅斯成教位于俄羅斯的十字教分支，專長幽靈狩獵的教會組織，目前也在監視著在西伯利亞異空間內的。最高領袖是至高主教克蘭斯·r·圖阿魯斯基。