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混沌初開，遠古部落在三皇的帶領下較為和平地生活了數萬年。

直到有一天，化身炎帝的人皇神農氏在石牛峰煉制丹藥之時，誤食一株先天靈根孕育而出的毒草——斷腸草，結果因為一時無法壓制毒性，肚爛穿腸，毒發而亡。

神農氏死后，眾圣又推選軒轅氏立為新人皇，又稱之為黃帝。

但是原本在炎帝神農氏麾下的部落族長蚩尤氏不滿軒轅氏為黃帝，取大量礦石以炎帝神農氏的煉器之法鑄成槍、矛、戟、盾等兵器，聯合星神夸父、風伯飛廉、雨師屏翳、靈神后羿、遁神銀靈子、冥神神荼、郁壘的部落對黃帝軒轅氏的部落發動戰爭。

軒轅黃帝率領手下兵將聯合遠古的妖族大軍在逐鹿之野與蚩尤交戰，蚩尤引來混沌之氣，化作迷霧重重，困住了黃帝的兵將，軒轅黃帝則在關鍵時刻參悟出萬星之道，造出神器指南星車，順利突破了蚩尤布下的迷障。

迷障困不住黃帝，蚩尤氏又派出飛廉屏翳施展洪荒之力，呼風喚雨而來，黃帝的軍隊無法抵擋，只好敗退。

妖神二族領袖東皇太一見黃帝不敵蚩尤，便與女媧商議，最終女媧把上古卷軸龍甲神章交給軒轅黃帝，讓其參悟其中奧義。東皇太一則派自己的十個兒子出馬幫助黃帝，東皇十子化作本體，為十只三足金烏，是盤古之眼太陽的化身。十只三足金烏飛到空中，化作十個太陽，剎那間風停雨止，飛廉屏翳敗退，后羿見三足金烏擊敗了飛廉屏翳，拿出自己的神弓，搭弓放箭，一連九箭擊斃了九只三足金烏，在他欲殺第十子時，蚩尤欲留一子為人質，遂令后羿停止放箭，讓夸父將其活捉。可是這第十子速度奇快，夸父追了它數十天依舊未能將其活捉，反倒是中途被黃帝麾下的神龍應龍截殺，那時夸父已然精疲力盡，無力抵抗，被應龍所殺。

而軒轅黃帝卻因為九烏皆死，十子遁逃，無法抵抗飛廉屏翳的狂風暴雨，只好派出自己墮入魔道的女兒魔僵旱魁，旱魁現世，天地大旱，風雨即止，飛廉屏翳不敵旱魁之魔力，被其斬殺。

旱魁擊殺飛廉屏翳以后，黃帝乘勝追擊，指揮兵馬擺出從龍甲神章中悟出的奇門遁甲之陣，大敗蚩尤軍隊。

與此同時，東皇太一得知自己的九個兒子死在后羿箭下，震怒不已。他親身降臨，同蚩尤的將領展開大戰，東皇太一神力無邊，他只身一人大敗蚩尤的八十一的兄弟，活捉了神荼，郁壘，并以飛輪斬殺了蚩尤手下的后羿和銀靈子。

蚩尤的人馬慘敗，死的死，降的降，最后只留下他一人頑固抵抗，無奈他身負神戰八荒之力，就連東皇太一也很難將其擊殺，只能用一口巨鐘將其鎮壓，并用鐘聲震碎了蚩尤的魂魄，使蚩尤無法反抗。

軒轅黃帝則取一塊混沌玄鐵鑄成了一套枷銬，鎖住了蚩尤，將其流放到黎山之丘，等到在七星耀月之時，聚日月星辰四象之力將之斬殺。

蚩尤死后，他身上的枷銬被摘下拋在大荒之中，沾滿斑斑血跡的枷銬，頓時化作了一片楓林，那一片片鮮紅鮮紅的楓葉，似在訴說著蚩尤的怨恨。

軒轅黃帝怕蚩尤死后還要作怪，便把他的身首分開：首級被安置到一處仙山之上，伏羲與女媧兩兄妹分別施法將之封印，女媧以自身靈力化為一塊仙石把蚩尤之首封印其中，伏羲則在仙石之上按周天政歷，九宮八卦布下禁制，使蚩尤之首無法破石而出；身軀被打入幽冥地底的最深處，東皇太一布以十方幽冥混沌之力鎮壓，但是蚩尤的怨念難平，鎮壓之處還是常常冒出一股紅色的霧氣，直沖云霄，仿佛是一把沖天的利刃。

涿鹿之戰最終以軒轅黃帝勝利告終，這場遠古的大戰造成了混沌初開以來最大的一次傷亡，數以萬計的洪荒人族相繼隕落。

遠古大戰結束，伏羲，女媧借此機會退位讓賢。而東皇太一被眾人推選為號令萬天的神皇天帝，軒轅黃帝則成為了號令萬地大地皇者。