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軍需部,轄有財務(wù)司、軍糧司、軍屯司、軍牧司、軍服司、軍醫(yī)司、軍艦司等,同時還轄有十多個大型物資生產(chǎn)供應(yīng)的工場。在營級設(shè)立軍需官來掌管糧餉和其他物資,發(fā)放糧餉時,所有將士都在場,由皇帝親自向高級軍官分發(fā),高級軍官再向中級軍官分發(fā),分發(fā)時需要軍需官、參軍和主將一起發(fā)放。財務(wù)司除了負(fù)責(zé)軍中物資供應(yīng)費用的統(tǒng)計,還掌管、統(tǒng)計所有糧餉的支入支出,跟政務(wù)院財政部密切合作。軍糧司負(fù)責(zé)聯(lián)系地方政府湊集軍糧、牲畜養(yǎng)殖屠殺、炊事等。軍屯司負(fù)責(zé)所有屯田事宜,由屯田中郎將負(fù)責(zé)。軍牧司,負(fù)責(zé)馬匹的采購、喂養(yǎng)、醫(yī)治。軍服司,負(fù)責(zé)所有軍服、棉被、軍旗、帳篷等的設(shè)計制造供應(yīng)。軍艦司,負(fù)責(zé)江河湖海上的大小船舶的設(shè)計制造,在河內(nèi)、遼東、山東等地興建了多處大型船廠。軍醫(yī)司負(fù)責(zé)宣傳健康醫(yī)療知識、救治傷兵、防止瘟疫,從營級開始有醫(yī)療伍之至到師級有野戰(zhàn)醫(yī)院,漸漸地戰(zhàn)地醫(yī)生、護士、醫(yī)療器械都開始齊全,不再完全仰仗中醫(yī)。

軍備部,負(fù)責(zé)組織領(lǐng)導(dǎo)全軍的武器裝備建設(shè),將后世的總裝備部和國防科工委都囊括進去了。下面設(shè)有軍械司,負(fù)責(zé)新武器盔甲的設(shè)計、攻城防御器械如弩炮的設(shè)計制造常備司,負(fù)責(zé)制造供應(yīng)常規(guī)兵器、弓箭、盔甲等火器司,負(fù)責(zé)火藥、火炮、火槍等諸多熱兵器的制造軍礦司,負(fù)責(zé)開采鐵、煤和石油。

軍建部,負(fù)責(zé)所有軍事設(shè)施建設(shè),轄有城垣司、工事司、營房司、交通司,轄有浩大地工兵和建筑兵隊伍,全面負(fù)責(zé)所有軍民設(shè)施地建設(shè),使得勢力內(nèi)地每一棟建筑都能為軍事目地做出貢獻,等于后世總后勤部和國務(wù)院里建設(shè)部、鐵道部、交通部的整合。另外,俘虜多半派到這里做苦工。

政務(wù)院,設(shè)有政務(wù)首相和次相,原來的六部改為吏政部、財政部、司法部、農(nóng)牧部、工商部、文教部等六部,每部設(shè)有一個尚書和侍郎。根據(jù)軍政分開地原則,政務(wù)院類同于后世地國務(wù)院,因為人才不足和時代局限,機構(gòu)要簡化很多,但比起這個時代地三省六部還是要健全不少。

吏政部包含考試司、人事司、監(jiān)察司、組織司等部門。

財政部包含稅務(wù)司、統(tǒng)計司、錢幣司、中央銀行、審計司

農(nóng)牧部轄農(nóng)業(yè)司、民屯司、水利司、林業(yè)司、牧業(yè)司、糧食司、土地司。

工商部轄有工業(yè)司、礦業(yè)司、外貿(mào)司、內(nèi)貿(mào)司、環(huán)保司、質(zhì)檢司、安監(jiān)司等。

文教部轄有文化司、宣傳司、出版司、體育司、產(chǎn)權(quán)司、旅游司、文物司、教育司、科技司等,雜糅了教育部、中科院、社科院、工程院、發(fā)展研究中心、科技部、地震局、氣象局、測繪局、自然科學(xué)基金會、信息產(chǎn)業(yè)部等后世部門。

司法部,負(fù)責(zé)法律的制定、案件地審理核查、監(jiān)獄,將后世的公安部、司法部、法院同歸在一起。

后來又設(shè)了一個民政部,轄有民生司、衛(wèi)生司、郵政司、人口促生司、保障司等部門。

廉政公署是由御史臺改編而來,對所有官員和將領(lǐng)都有調(diào)查之權(quán),公署內(nèi)轄有信訪局。

國家安全總署,由原來的軍情司、中情司、暗香司改編而成,不僅僅要對敵人和其他盟友勢力,更要對準(zhǔn)內(nèi)部,一百個勝利有時候也抵不過背后的一刀,升級后的情報總署是后世國安部、檔案局、保密局、錦衣衛(wèi)的雜糅,是中央情報局和聯(lián)邦調(diào)查局的融合,調(diào)查內(nèi)部、敵人、盟友。

通天教神殿是將通天教的宗教地位提高到軍政同等高度,便于發(fā)展通天教去擠壓其他教派,全面提升國人的宗教信仰。

秘書處記述皇帝的圣旨和轉(zhuǎn)呈下面的情報文書,由秘書令負(fù)責(zé)起草。