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冬日的暖陽(yáng)穿過(guò)研究室的窗戶照到瑪修背上,無(wú)視室外零下十二度低溫的事實(shí)蒸著微微暖意。瑪修左手食指輕敲上午剛剛送來(lái)的硬碟外包裝,右手食指蜷曲著用第二節(jié)指節(jié)撐著顴骨末端,右手拇指則勾住他外擴(kuò)的下頷。他盯著眼前的雙螢?zāi)唬驗(yàn)橐辉俪霈F(xiàn)的一組數(shù)字微微皺起眉頭。
硬碟里的資料是他先前委託外包廠商,進(jìn)行斑馬魚基因定序的成果。因?yàn)榛驑颖玖亢苌伲瑥S商會(huì)先將原本的dna樣本用酶切斷、進(jìn)行聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(pcr)后才定出序列。因此瑪修收到的資料是數(shù)萬(wàn),甚至數(shù)百萬(wàn)串不等長(zhǎng)、由代表不同鹼基對(duì)的字母排列而成的字串。他必須將這些零碎的字串比對(duì)拼貼,最后現(xiàn)出序列原本的樣貌。
不過(guò)這并不是讓他皺眉的原因。定序的技術(shù)和重組字串的方法已經(jīng)非常成熟了。像斑馬魚這種被研究透徹的模式動(dòng)物,要出大紕漏并不容易。
讓他感到擔(dān)憂的事情是斑馬魚粒線體(mitochondrion)的基因序列長(zhǎng)度和線蟲的一模一樣。
當(dāng)然不是指原始序列本身的長(zhǎng)度一模一樣。相較于細(xì)胞核的基因序列,粒線體的基因序列突變得更快,而且突變速率穩(wěn)定,時(shí)常被用來(lái)評(píng)估生物的演化進(jìn)程以及物種間的親緣關(guān)係。線蟲和斑馬魚兩種生物天差地遠(yuǎn),牠們粒線體的基因序列自然不同。
問(wèn)題出在瑪修手邊的理論。他正在研究粒線體基因序列的突變與演化。如果粒線體的內(nèi)共生假說(shuō)──我們的真核生物祖先在二十億年前收服了一種原核生物當(dāng)「小弟」──是正確的,那么現(xiàn)在所有生物的粒線體鹼基排列應(yīng)該都源自同一條序列。由此,瑪修和他的導(dǎo)師正著手建構(gòu)一種演算法,希望能直接從生物當(dāng)前的粒線體基因序列推算始祖序列的型態(tài),并依照兩者之間的差異將各個(gè)生物安在演化樹上的相對(duì)位置──實(shí)現(xiàn)生物演化樹的大一統(tǒng)。
可是當(dāng)瑪修完成第一版演算法,并且嘗試代入資料庫(kù)中的已有的粒線體基因序列資料,他發(fā)現(xiàn)每種生物最后給出的始祖序列長(zhǎng)度都一樣──12,317±1對(duì)鹼基。
不只線蟲和斑馬魚,果蠅、文昌魚和小鼠都一樣。現(xiàn)在就連使用他們實(shí)驗(yàn)室自己培育的斑馬魚的基因序列進(jìn)行分析,結(jié)果也還是完美的12,317對(duì)鹼基。
完美的結(jié)果難道不完美嗎?
當(dāng)然不!瑪修用的方法看來(lái)復(fù)雜華麗,可是脫不出成山的假設(shè)和它外插的本質(zhì)。不同的物種應(yīng)該要得出大致相同但細(xì)節(jié)迥異的結(jié)果。不停出現(xiàn)同一組數(shù)字,在同儕審查中只會(huì)被視為程式碼出錯(cuò)的徵兆。
不過(guò)他已經(jīng)花了三個(gè)月,一行一行、一字一字檢查他的程式碼不下數(shù)遍。他甚至邀請(qǐng)了國(guó)外另一間大學(xué)的研究團(tuán)隊(duì)依據(jù)他的理論進(jìn)行獨(dú)立研究,由文化背景迥異的研究員從頭實(shí)現(xiàn)一次演算法,得出的結(jié)果還是一模一樣。
那天晚上他又到了校園附近的酒吧買醉,不過(guò)身旁喧鬧著的、無(wú)憂無(wú)慮的大學(xué)部學(xué)生讓他愁上加愁。他趁著醉意打電話給前女友訴苦。前女友沒(méi)有接,他就一直打、一直打……
「都做到這樣,你把文章送出去就是了。」
瑪修想和前女友復(fù)合的奮斗故事說(shuō)到一半被無(wú)情打斷。他沉浸在回憶里,愣了一會(huì)兒才發(fā)現(xiàn)愛麗正在等待他的回應(yīng)。
「什么?」
「我說(shuō),你都做到這樣了,」愛麗把叉子尖端含進(jìn)嘴里,用舌尖品嚐沙拉醬汁的酸甜味道,「不是應(yīng)該先把文章送出去,看看期刊的審查委員有什么意見再說(shuō)嗎?說(shuō)不定他們根本不在意這種小事。」
瑪修有點(diǎn)尷尬,他搔著后腦,說(shuō):「啊,現(xiàn)在想起來(lái)是這樣沒(méi)錯(cuò)。不過(guò)那時(shí)候總想著要把研究做得完美。畢竟那篇文章送出去,大概整個(gè)生物資訊學(xué)都會(huì)被翻過(guò)來(lái)吧?」
瑪修用輕松的語(yǔ)調(diào)講著一般研究人員一輩子都不敢奢望的經(jīng)歷。不過(guò)卡琳對(duì)于瑪修的藉口并不買單,她靠到愛麗身邊悄聲說(shuō)道:「他只是想打給他前女友。」
「所以呢?」愛麗完全不遮掩,單刀直入地問(wèn)瑪修:「你前女友有接電話嗎?」
「不要前女友、前女友地叫,好像我們一直分分合合糾纏不清一樣。」坐在瑪修身旁的量子電腦工程師插話:「我們就是單純朋友。只是大一的時(shí)候交往過(guò)一個(gè)月而已。而且這根本不是重點(diǎn)好嗎?」
愛麗聳聳肩改口,看著工程師說(shuō):「那瑪修在大一的時(shí)候交往過(guò)一個(gè)月的前女友有接電話嗎?」
工程師瞪著愛麗不回答。愛麗再次改口:「瑪修大一的時(shí)候交往過(guò)一個(gè)月,但聲稱兩人只是普通朋友的前女友有接電話嗎?」