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湯若望進呈的新修歷書是在《崇禎歷書》基礎上修訂的。該書由徐光啟和李天經先后主編完成，是明代修歷的重要成果，全書一百三十五卷。雖然此書早在崇禎七年（1634年）業已完成，但直到崇禎十六年（1643年）才頒詔通行天下，造成這個結果的原因是保守派的反對，他們認為歷書采用西法，不合祖制，致使崇禎帝首鼠兩端，猶豫不決，遲遲未予頒行。等到決定頒行時，大明江山氣數已盡，因此這本歷書并沒有真正用過。不過，對于《崇禎歷書》，湯若望是再熟悉不過了。因為他曾親自參與修訂，深知這部歷書的得失所在。雖然它在某些方面，參用西法，具有新的突破，但由于保守思想的影響，并未真正打破《大統歷》的系統框架。在某些方面，甚至不得不削足適履，以迎合舊制，以至于一些先進的西方理念和技術并未運用到位，推驗多誤。湯若望在向多爾袞進呈這部歷書時，也把此書的優劣詳細作了報告，并建議在此基礎上進一步修訂。他還把自己用新法推驗出來的本年度八月初一的日食時間和圖像進呈，請求派員測驗。多爾袞聽了很高興，他把欽天監官員送呈的歷書也交與湯若望過目，并請他做出專業評判。第二天，經過檢查，湯若望找出該歷書存在的七大錯誤，并當面向進呈該歷書的欽天監官員們一一指出，令他們無言以對，深感顏面無光。

七月，朝廷批準湯若望的想法，準其在明歷基礎上修訂新法。這部新法攝政王親自定名為“時憲歷”，“以稱朝廷憲天乂民至意”。八月初一，日食來臨之際，攝政王派大學士馮銓等官員同赴觀象臺測驗，結果回回科誤差一小時，而大統歷所標日食圖像竟有一半差錯，只有湯若望的新法，時間、圖像均與實際一一契合。這是一次有力的證明。德國人魏特把這稱之為一個“為全國所知曉的勝利”。馮銓與同去的官員無不驚嘆。他們上奏朝廷，對湯若望高度贊譽。皇帝也下詔褒獎，諭云：“舊法歲久自差，非官生推算有誤，新法既密合天行，監局宜學習勿怠玩。”這是對湯若望的新法天算的充分肯定。

滿人敬天畏天，對天算人才充滿敬意。在他們看來，深諳天象之人也能通曉塵世的一切，而歷法的良善也關系到社稷的千秋萬代。因此，湯若望的地位得到確立，并受到清王室的尊崇。在準確預測日食三個月后，朝廷還決定授予湯若望欽天監監正一職。朝旨云：湯若望掌欽天監監印，該監所有人員和事務悉聽調遣。

欽天監是觀察天象，推算節氣，制定歷法的官方機構，監正為最高長官。對于這項任命，湯若望一再推辭。因為他的主要任務是傳教而非其他，故而不想把過多的精力耗費于官場。可是，朝廷并不準許。有人甚至善意地提醒他，不要一再堅辭，因為這樣很可能會被誤解為他仍然效忠于前朝。湯若望只好接受了任命，成為第一個由西方人出任的掌管國家歷法的最高官員，而從一個受聘的外籍專家到朝廷命官，這無疑是一個根本的轉變。

順治二年（1645年）十一月，經過數次修訂，在湯若望主持下，修編完成了《時憲歷》一百卷，由清政府批準實行，而湯若望修歷有功，朝廷特加太常寺卿銜，以資褒獎。此后他不斷獲封。先是受封通政使司通政史(正二品，服俸加二級)，后又誥封為光祿大夫，恩賞其祖先三代一品封典。應該說，這是湯若望最輝煌最榮耀的時期。

然而，誰也想不到的是，進入康熙朝后，僅僅幾年時間，他便從天上跌落地下。一樁因歷法而起的大案使他鋃鐺入獄，險些人頭落地，而這樁大案的發起者就是楊光先。

楊光先是明末清初反西教的急先鋒。有人總結他一生干過兩件大事，一是劾權貴，一是尊圣學。前者是指他崇禎十年（1637年）抬棺彈劾溫體仁和陳啟新，后者便是指他反教排教，發起康熙四年（1665年）的歷法大案。兩者相比，無論持續時間長短，還是影響大小，前者都無法與后者相比。有人鼓吹說：“先生之奇，不在于劾權貴，而在于尊圣學。”稱他參劾西教的奏疏是“生民以來，圣圣相傳”，“誠古今來不再見之鴻文，真足與天地并垂不朽”，比漢宋以來的儒學經典“功高百蓗”，“甚至不在孟子下矣”。簡直把他捧上了天。

那么，楊光先究竟做了什么，竟受到如此追捧？

事情得從順治十六年（1659年）說起。此時楊光先已經重新來到北京。如果說，在他來京之前經過了一段消沉，那么，從順治十六年（1659年）起，他的知名度陡然增高，原因就在于從這段時間起，他開始著手他的所謂“尊圣學”的事業，并于康熙四年（1665年）掀起了一場轟動全國、震驚世界的排教大案。

楊光先反對西教由來已久。這從他的文章中可以明顯看到。不過，他的排教活動在明末似乎并不突出，史料記載也不多，直到順治末年才迅速升級。其口誅筆伐，風云一時，儼然成了反西教的頭面人物。

從現有的資料看，楊光先的一系列討伐“檄文”，包括一些奏章呈文，約二十篇，也大多寫于順治末年和康熙初年。后來這些文章匯輯成冊，定名為《不得已》。何為不得已？按楊氏的說法，就是“士大夫者，要主持世道也”。如何主持世道？就是要“正三綱，守四維”。如今洋教盛行，而我舉世學者，竟無人敢于糾正。邪教之力，如此之大!照此下去，“三光晦，五倫絕矣”，“此而可已，孰不可已”!這就是他的所謂“不得已也”。也就是說，面對西教猖獗，他不能再沉默了，也不能不站出來說話了。

楊光先的反擊開始了。從順治十六年（1659年）起，他先后寫了《辟邪論》《距西集》《摘謬十論》等數篇文章，向天主教發起猛烈的攻擊。他在文章中聲稱，西人耶穌會，非中土圣人之教，“實西域七十二種旁門之下，九十六種邪魔之一”，公然宣稱萬國均為邪教后裔，這是要滅我中華祖先，其所謂天主、亞當、夏娃等純系無稽之談。圣母瑪利亞生子耶穌，非婚受孕，居然童身未壞，豈不荒謬至極？男女媾精，萬物化生，人之常道也。世間惟禽獸知母而不知父，可耶穌邪教竟有如此荒誕不經之說！他還指責耶穌是“叛國渠魁”，事敗正法，釘于十字架上，本是大快人心，可其邪心不死，居然三日復生，這不是愚弄信徒，胡說八道嗎？他還把當時著名的傳教士和中國信徒，如南懷仁、安文思、潘進孝、許之漸、許謙等人，逐一點名，痛加批判。

在火力對準天主教的“荒唐教義”和“歪理邪說”的同時，他還從歷法入手，對湯若望等傳教士毫不留情，大加撻伐，指控他們“假以修歷為名，陰行邪教。延至今日，逆謀漸張”。他還責罵徐光啟為“邪臣”，因為就是他違反海禁之令，把湯若望等舉薦于朝，才使他們有了今天的地位。為了引起官方警覺，他還從國家安全的角度大聲疾呼，指出惑眾妖書公開刊行，邪教徒分布各省咽喉，結交士大夫為羽翼，煽動誘騙小人為爪牙，受蒙蔽者越來越多，像水從高處流下，可“朝廷不知其故，群工畏勢不言，養虎臥內，識者以為憂”。他還把天主教比作白蓮教，誣其暗中結社，圖謀不軌，說教徒張貼十字架極有可能是一種妖術，而使用望遠鏡明為觀察天文，實則十分可疑。

楊光先的這些文章極有煽動性。為了擴大影響，他把《辟邪論》《距西集》印行五千冊，四處散發。其所產生的效果，用他的話說是“朝野多謬許之”。也就是說，大多數人都表示贊許。后來，他的《不得已》印行時，有人稱楊“實為本朝第一有識有膽人”，贊其書“正人心，息邪說”，“持論銳利”，實為“第一有關名教、有功圣學、有濟民生之書”。據史料記載，此書印行后，西人以重金購之，每部二百金，“悉為焚毀，欲滅其跡”。至雍、乾年間“傳本已鮮”，極為珍貴，由此也可見影響之大。

當然，對于楊光先來說，這些聲討只是開始。或者說，只是一種戰前的熱身，為了從思想輿論上先聲奪人。到了順治十七年（1660年），他的正面強攻開始了。

這一年的五月和十二月，他先后兩次上疏，彈劾湯若望等傳教士。第一次上疏，史料不存，難窺其貌，而第二次上疏，其文稿以《正國體呈稿》為題收入《不得已》集。該疏從歷法入手，控告湯若望兩大罪狀。其一是暗竊正朔，盜竊名器。原來，湯若望完成《時憲歷》一百卷進呈朝廷時，首頁寫了“依西洋新法”字樣。在楊光先看來，大清之官，修大清之歷，歷面上怎么能寫“依西洋新法”？這是不尊皇上，而把西洋奉為正朔。對此，他早在五月第一次上疏時，就糾彈過此事，可湯若望置若罔聞，不知檢舉改正，以贖不臣之罪，而是堅持不改，“是藉大清之歷，以張大其西洋”，“罪不容誅矣”。

其二，新法推閏有誤。其中特別提到將立春提前一天，“是不應立春之日而立春，應立春之日而不立春”。每年立春，皇上都要進行迎春大典，這是何等重要的大事!現在新法居然弄錯日期，淆亂盛典，其“褻天帝而慢天子，莫此為甚焉”，這是該殺之罪!

最后，他總結說：“總之，西洋之學，左道之學也。其所著之書，所行之事，靡不悖理叛道”，而天主教人之狼子野心，“謀奪他國，是其天性”。如今他們呼朋引類，外集廣澳，內外溝連，不可不防。如果任其“黨與熾盛”，“不幾養虎自貽患哉”!

但是，這兩次上疏均未達到目的。第一次是“不得上達”，第二次則是“禮部未準”。究其原因，乃與湯若望此時恩寵未減，地位穩固不無關系。

湯若望從順治朝到康熙初年，不僅深得皇父攝政王多爾袞的信任，而且與孝莊皇太后及小皇帝福臨本人都關系親密。湯若望學識豐厚，對于天文、地理、制造、火器和醫學都有相當的研究，這使清皇室對他尊重有加。有一次，皇太后生病，派人來咨詢湯若望。湯若望當時并不知道病人是誰，但聽了來者講述，知病情不重，乃取銅牌一枚讓來人帶回讓病人佩戴，不久太后病愈，后來太后一直戴著這枚銅牌，以為佑護。還有一次，順治帝的皇后患病，也被湯若望治好。這些都使皇太后對湯若望心生崇敬，并尊其為義父，而順治帝也尊稱湯為瑪法，即滿語祖父。順治臨朝后，對湯若望更是禮遇有加。除了加官晉爵，恩賞不斷，還經常召湯進宮，或親臨館舍，與之交談。順治帝是一個勤學的皇帝，由于年幼嬌養失學，臨朝后發憤苦讀，五更起讀，至晚不輟，前后九年，幾曾嘔血。在與湯若望的交往中，他經常向湯若望請教天文、歷法等方面的問題，并征詢有關軍國大事方面的意見，雙方來往密切。考慮到湯年事已高，順治不僅免除他君臣跪拜之禮，還專門為他備下一個舒適的軟椅，而湯若望每每進出宮廷也“有如家人父子”一般。湯若望一度還想勸說順治皈依天主教，但未能成功。

這些禮遇和厚待，除了個人之間的感情和信賴之外，也與清初寬容的宗教政策不無關系。滿族信奉薩滿教，但入關以后，對漢人的佛、道、儒三教并不排斥，允許其與薩滿教并存。歷史學家陳垣先生說，清初順治、康熙對天主教并不認可。順治帝看過天主教書籍后大不以為然，認為荒唐悠謬之說，無逾此書。康熙也說過此類的話，但這并未妨礙他們對天主教采取寬容的態度。

由于受到清皇室的禮遇，湯若望在清初的地位一直受到重視，他的意見甚至對皇帝本人也有影響。楊光先在文章和奏疏中多次說到“邪教之力如此重哉”，以至于“舉世學人，不敢一加糾正”，“事關萬古綱常，憤無一人請討”，他要“不惜齏粉”“忿不顧身”云云。這些話雖有夸大成分，但也并非憑空所指，從中亦可見湯若望的影響之大。

順治十六年（1659年）的兩次參劾雖然失敗了，但楊光生并未罷手，一邊四處活動，積極準備，一邊等待時機。這期間，他又一口氣寫了多篇排教文章。從收入《不得已》的文章篇目看，有《與許青嶼侍御書》《選擇議》和《孽鏡》等。這些文章與他前期寫的文章一脈相承。在《與許青嶼侍御書》中，他對《天學傳概》一書全面批判，聲罪致討。《傳概》是一本宣揚天主教教義的書，由傳教士利類思和安文思所著，后經李祖白潤色，并以他的名義印行出版。李祖白，字然真，系天主教徒，教名約翰，官至欽天監監副(一說為欽天監夏官正)，是當時公認的中國最有才華的天算學家。書中提出天主上帝，開辟乾坤，天下萬國盡是德亞國（古猶太國）之子孫，這引起楊光先極大憤慨。他認為，如果耶穌為天主，那么在他出生之前，即中國漢哀帝以前則為無天之世界嗎？而我中華祖先堯、舜又被置于何地？我大清之天下來自于三皇五帝之正統，如今竟成了“邪教之苗裔”？這不是“謀叛本國，明從他國”嗎？至于皈依西教，不得供奉祖宗牌位，更是非圣之文，毀我周孔禮教。“如此妖書，罪在不赦。”楊光先對此非常氣憤，文中多次出現“祖白之膽何大也”“祖白之頭可斬也”之類的激憤之詞。

《傳概》刊行時，書前有一篇許青嶼做的序言，對天主教大加贊賞。許青嶼是順治朝進士，官至御史，為清初名臣。由于許青嶼名氣很大，“此序出未二月，業已傳遍長安”。楊光先對此極為不滿。他在文中公開向許叫板，指責他身為圣門賢達，天子諫臣，居然對于這樣的妖書，不發豎眥裂，擲書于地，反倒為之作序，這是不尊孔孟，得罪名教，必遭后世唾罵，而先生之名也將累于一序。后來，康熙四年（1665年）排教案發生時，許青嶼因此序受到牽連，不過有后世學者考證，《傳概》之序系偽作，并非出自許青嶼手筆。這已是另外的話題。

《與許青嶼侍御書》系楊光先這期間所寫的一篇重頭文章，而同一時期所寫的《孽鏡》和《選擇議》也值得一提。《孽鏡》主要火力集中在攻擊西洋新法上。比如，他嘲笑新法把大地說成一圓球，上下四方布列國土，虛懸于太空之內。照此說法，地球上邊的人和地球下邊的人豈不要腳對腳了嗎？這樣的荒唐之說竟然也能騙人，因此他要像高懸照妖鏡那樣，以照出“新法之妄”。不過，從今天看來，由于對近代科學缺乏了解，加之思想上的對抗，此文東拼西湊，詞不達意，多處暴露了楊光先的無知和可笑。

至于《選擇議》則是拿榮親王的葬期說事，認為陰陽五行之理，相克相化，用對了兇可化吉，用錯了則吉反變兇。榮親王之命屬火，以水為殺，應選二木生旺之月，避水克火，“此化難生恩之法也”。可現在所選的葬期犯了三殺：月犯生殺，日犯黨殺，時犯伏吟，四柱無一吉者，不知依何書何理而選？幸好用在葬數月之王(按，《清世祖實錄》稱榮親王生下四月而薨，所以楊文稱之為“數月之王”)，若用之宦庶之家，“其兇禍不可言矣”!這篇文章篇幅不長，言辭也不激烈，看似無足輕重，實則卻成了后來扳倒湯若望等傳教士的重磅利器。這是后話。

從順治十七年（1660年）至康熙三年（1664年），前后四年有余。這期間，楊光先雖然沒有上疏，但對西教展開的持續猛烈的思想輿論攻勢從未停止。他不是一個人在戰斗，在他的背后支持他的有朝廷高官、太監、士紳階層以及欽天監中反對湯若望的勢力。這股力量十分強大。他們彼此呼應，不斷地制造事端。順治元年（1644年），任命湯若望為欽天監監正的諭旨下達后，竟被禮部扣壓不發。直到第二年，順治皇帝發現湯若望的奏疏中沒有署上監正的頭銜，經查發現是禮部從中作梗，立即予以嚴斥，禮部這才不得不辦。對于皇上的諭旨居然也敢陽奉陰違，抗旨不發，原因就在于禮部尚書恩格德從中作祟。

恩格德是一個痛恨西教之人，而欽天監直屬禮部管轄。恩格德對湯若望的任命從一開始就不贊成。湯若望到任后，公正嚴厲，對禮部并不言聽計從，這使恩格德十分不快，不久又因榮親王葬期之事雙方撕破了臉，鬧到了最高層。這事的起因是禮部誤用時辰（將辰時誤用午時）從而導致榮親王未能在吉時下葬，這就犯了大忌。榮親王是順治第四子，生下三月(一說四月)而薨，連名字都沒來得及起。不過，這個早夭的皇子來頭卻不小，他的母親就是順治帝的愛妃，死后追封為孝獻端敬皇后。說起孝獻端敬皇后，一般人可能會感到陌生，但一提到董鄂妃，知道的人就多了。她是順治帝最寵愛的妃子，民間有許多關于她的傳說。其中一個說法是，她原是江南名妓董小宛，但這個說法并無根據。《清史稿.后妃傳》中說：“孝獻皇后董鄂氏，內大臣鄂碩女，年十八入侍。”這可能是一個比較靠譜的說法。順治帝對董鄂妃的寵愛，史料中有很多記載。說她初封賢妃，一個月后晉皇貴妃，順治帝還為她的晉封大赦天下，死后追封為皇后。所謂“眷之特厚，寵冠后宮”，毫不夸張。董鄂妃死后，順帝痛不欲生，差點自殺，后來傳說順治出家也與此有關，可見對她是一片癡情。

董鄂妃生下的唯一一個兒子就是榮親王，雖然產下數月便死去，但為了安慰自己的愛妃，順治帝仍追封這個不幸的王子為和碩榮親王。親王加“榮”字極為高貴，在清代十二等封爵中列為頭等，有清一代也只有兩位親王獲此殊榮，而這個早夭的榮親王就是其中之一。不僅如此，順治帝還下令為其建造了一處規模宏大的親王園寢。這一切，當然都是看在他娘的面子上。

然而，就是這么一個順治皇帝如此看重的事，葬期卻被搞錯了。按《湯若望傳》中的說法，搞錯葬期的是恩格德，他擅改下葬時刻，并謊稱這是根據欽天監選定的時間。這件事的后果相當嚴重，因為按照風水學的說法，死者在吉時下葬，關系到子孫永享榮華富貴，興旺發達，反之則會災禍無窮。

可怕的是，這個說法似乎得到了驗證。因為榮親王下葬不久，董鄂妃便一病不起，駕鶴西去。更糟糕的是，四個月后順治帝也隨之病薨。這種不吉利的事情相繼發生，隨著誤用葬期的事被揭發出來，事情的性質便變得極為嚴重。恩格德為了逃脫責罰，把責任一股腦兒地推給了欽天監，聲稱是他們誤報了時辰。這一來，作為欽天監監正的湯若望不得不站出來澄清事實了。他具折奏明朝廷，指出錯誤的葬時并非由欽天監所誤報，而是由禮部所擅改。這一來，作為禮部尚書的恩格德便難脫干系，朝旨處死。湯若望出于好心，向皇上求恩，恩格德方獲恩赦，免除死刑，革職充軍。與恩格德一起遭受處罰的還有禮部一干人員，如郎中呂朝允、筆帖式額勒穆等。

應該說，在這件事上湯若望并無過錯，他出來說明情況也是不得已而為之。欽天監機構下設四科：一是歷科(原名時憲科)，二是天文科，三是漏刻科，四是回回科。其中歷科最為重要，其職責是掌管天算天象與編定歷書等事務。該科之下又分三組，其中一組就是專為祭祀等活動選定吉日的。榮親王在錯誤的時間下葬，湯若望如不稟明事實，不僅欽天監負有責任，而且他的屬下也難逃追究。可是，他這樣一來，便把恩格德和一班禮部大員徹底得罪了。

除了禮部不滿湯若望外，欽天監內部也對湯若望任職十分抵觸。在清代以前，欽天監一直是大統歷和回回歷的天下。大統歷明初由開國元勛劉基(字伯溫)進呈，名為《戊申大統歷》，修于元時，有明一代一直沿用。傳教士們習慣地稱它為中國歷法。回回歷產生于環地中海地區，由穆斯林天文學家創立。早在元代就進入中國，在中國歷法史上占據重要地位。元明兩代，朝廷設有回回司天監，為官方天文機構之一。明洪武年末期，回回司天監撤銷，并入欽天監，在監下設回回歷科。該科成員均由回民歷學家擔任，采取世襲制，職名為回回歷士，而在欽天監內部則實行大統歷、回回歷雙軌制，一直沿襲至明末清初。

明朝成化以后，大統歷推驗屢誤，隨著修歷呼聲不斷增高，徐光啟引用西人修歷，大統歷逐漸衰落。不過，回回歷由于自身獨特的體系并未被取代。清初，湯若望出任欽天監監正時，仍保留了回回科的設置，并且允許他們按照自己的方法進行觀測，并定期向朝廷呈報結果。

不過，好景不長。順治三年（1646年），湯若望下令禁止回回科進呈推驗結果，這引起了回回科的恐慌。在這之前，由于推驗屢誤，回回歷法的信譽已大幅下降，他們在監局的世襲地位也受到威脅。面對這樣的局面，他們當然心有不甘，開始聯合監局內的保守力量，包括天文科、漏刻科的部分反西教人士，處心積慮制造難題，并以一些極為幼稚和惡劣的理由攻擊西方的天算科學，試圖搞倒湯若望。雖然他們得到了禮部部分官員的暗中支持，但都沒有成功。不過，這些“搗亂分子”(湯若望語)也的確制造了不少麻煩。湯若望不得不花費大量精力來對付他們。有一次，他們狀告湯若望出任欽天監監正不合法，因為沒有找到關于他任命的諭旨。內閣會議對于這樣的指控當然要進行審理。在審理過程中，湯若望被帶到院子的太陽下暴曬，竟致患了頭疾，三日未愈。好在這份諭旨后來從文檔中找了出來，那些告他的人才沒有得逞。對于這些接二連三的搗亂，湯若望不勝其煩，在高層的支持下，他決定把那些“搗亂分子”一一革除，并對監局內的人員進行了調整補充。一些受到湯若望信賴的（其中大部分為基督教信徒）

走上了各級崗位。除此之外，湯若望還革除陋習，整頓秩序，清除監內的無用人員，對傲慢無理的滿族官員加以責罰，從而逐步站穩腳跟，使欽天監的工作按照自己的意志運轉起來。

順治十四年（1657年）四月，原回回科秋官正吳明炫上書彈劾湯若望，鳴冤叫屈。他說臣祖上來自西域，自隋便被“授為日官”，專司歷法天象，每年推算，定期呈報，是為定例。可順治三年（1646年），本監掌印湯若望廢除回回科進呈定例，但臣發現湯若望新法所推七政，存在謬誤，事關象占，“不敢不據實上聞”。最后，他強烈要求恢復回回科，“以存絕學”。朝廷受理此案后，派人驗證，結果發現吳明炫指摘新法謬誤，所告與事實不符，被判“詐不以實”，險些丟掉性命。

這是一次失敗的嘗試。吳明炫碰得頭破血流，而回回天算家的陣營也受到嚴重挫敗。此后，他們表面上消停下來，沒有發起公開的進攻，但暗中仍在積蓄力量，伺機反撲。就在這期間，楊光先來到京城，他們一拍即合。楊光先攻擊西教甚力，雖“好高論大言，稍通歷法”，但天算艱深，非其所長。為了扳倒湯若望，他曾試圖尋求“羲和舊官”，即欽天監中的漢人官員的幫助，但并未得到響應。楊光先對此很不滿，他曾在文章中指責這些人“盡叛其家學而拜仇人作父”。所謂“家學”，即大統歷，而“拜仇人作父”，則是說他們投靠了湯若望。他還用“反搖尾于賊跖，以吠其生身之祖考”來挖苦譏諷他們。

由于漢官不給力，楊光先頗感失望，但他很快就與回回科官員建立了盟友關系。據清人彭孫貽《客舍偶聞》云，楊光先與吳明炫為同郡人，兩人相善。明炫自謂知歷，每次交談，歷數湯若望新法之誤，楊光先聞之大喜。他正愁找不到懂歷法的人為他提供炮彈，現在有了吳明炫這個“知歷”之人，自然是求之不得。

吳明炫，又名吳明烜，后者因避康熙名諱而改。有史料把明炫、明烜誤認為兄弟二人，實則不確。吳明炫曾任回回科秋官正，康熙歷案發生后，他一度重回欽天監任監副。可以肯定的是，在康熙歷案中，他是一個舉足輕重之人。有人甚至推測，楊光先一系列反對西洋歷法的文章，在策劃、撰寫和潤色上可能都與他有過商量，并得到過他的幫助。這種可能并不排除。

在吳明炫的支持下，經過一番精心準備，楊光先終于再次出手，向西教發起了新一輪的攻勢。一場驚天大獄從天而降，不僅震驚了全國，而且震驚了整個西方基督教世界。由于此案因歷法而起，又被稱作康熙歷案。

康熙歷案，起于康熙三年（1664年）七月，至康熙四年（1665年）三月結案，前后八個月。與以往不同的是，該案一是立案快，二是審判規格高，三是處罰嚴厲。

康熙三年（1664年）七月二十六日，楊光先具疏題參，狀告湯若望等人圖謀不軌，傳妖書以惑天下，請依律正法。狀告當天，堂司官便收下狀子。八月初五日，密旨下部，諭禮部、吏部會審。次日，湯若望等傳教士便到案受審。從立案過程看，前后不到十天，可見立案之速。

從審判過程看，此案先是禮部、吏部會審，之后刑部再審，再之后三法司復審，最后由親王、輔政大臣、大學士、六部九卿和八旗都統等組成的御前會議進行終審。審判的程序十分繁復而漫長，而且經歷了訴訟上的一切例行手續，并由最高的御前會議裁定。其規格之高，稱得上是所謂的“一等大獄”。

從判決結果看，湯若望和七名欽天監官員處凌遲，五人斬首。與此同時，天主教被宣布非法，在京傳教士一律充軍，各省傳教士則押送廣州，驅除出境。這個判決可以說極其嚴厲，對西教堪稱是一次毀滅性的打擊。

出現這樣結果也許讓人意外。從順治十七年（1644年）五月到康熙三年（1664年）七月，前后四年有余，楊光先使出渾身解數，上躥下跳，試圖扳倒湯若望，均告無果，可在康熙三年（1664年）七月，僅用半年時間便達到了目的。其實，說意外也意外，說不意外也不意外。中國是一個官本位社會，尤其是皇權統治時期，君臨天下，一言九鼎，任何紛爭，包括學術紛爭，最終水落石出都取決于高層的態度。楊光先的勝利同樣如此。

順治十八年（1645年），福臨病薨，其子玄燁繼位，年號康熙。康熙皇帝繼位時年僅八歲，由四大輔臣佐政。順治死后，湯若望頓失奧援，而四大輔臣中保守勢力占據上風。其中鰲拜和蘇克薩哈都仇視西教，提倡復古。尤其是蘇克薩哈，在德國人魏特的筆下，他“是最惡劣種類的基督教仇視者”。此時，恩格德，那個因擅改榮親王葬期被流放的前禮部尚書也回到京城。朝中形勢大變。楊光先也許正是瞅準了這個時機，興起了大獄。

八月初六日，審判開始。到案的有湯若望、南懷仁、利類思、安文思等傳教士和李祖白、潘盡孝、許之漸、許保祿等漢人。李祖白，即前邊提到的《天學傳概》一書的作者；許之漸，即許青嶼，是為《天學傳概》作序的翰林御史；而作為太監，許保祿的罪名則是幫助散發《天學傳概》一書。楊光先的指控主要集中在三點：一是謀叛本國。在《時憲歷》封面上竟書“依西洋新法”，暗竊正朔之權，以尊西洋。二是妖書惑眾。聲稱天主上帝，開辟乾坤，污我國人乃邪教之子孫。三是邪教布黨京省。散布圣牌、圣像、十字架，以及教義等宣傳品陰謀叛亂，并在澳門等地建立巢穴，“逆形已成，厝火可慮”。審判之初，主要圍繞謀反展開，但這些指控，證據并不充分。

此后的審判又進入歷法層面。由于天文學是一門專門的學問，不僅楊光先本人一知半解，那些審判官們也全是外行。面對一群外行，再好的爭辯也無異于對牛彈琴。于是，傳教士們提出你們控告新法虛妄謬誤，那么，康熙四年（1665年）1月1 6日，恰逢日食。當時，西法、大統和回回三派都已進行推算，并將結果呈報禮部。誰對誰錯，只要拿出來驗證一下即可見出分曉。主審官員批準了這一提議。結果在眾目睽睽之下，只有新法完全正確，而大統和回回均存誤差。這一來，主審官們大為尷尬。此后，傳教士們又提出要驗證春分時刻，他們再也不敢接受。為此，楊光先辯解說：“日食準否事小，謀奪他國事大。”他還說：“寧可中夏無好歷法，不可使中夏有西洋人。”這就偷換了概念，把學術之爭引入了政治斗爭范疇。接下去，為了保證審判有效地進行，他們開始在湯若望進呈二百年歷、錯用榮親王葬期等事上大做文章。這些本屬枝節問題，但卻可以隨心所欲借題發揮，亂扣帽子。